VU Botanikos sodo Mokslinių programų skyrius veikia augalų kolekcijų ir mokslinės laboratorijos pagrindu. Čia tiriama augalų bioįvairovė, stebima augalų kaita ekosistemose, tobulinama augalų sistematika. Vykdomi ne tik botaniniai augalų stebėjimai – didelę mokslinės veiklos dalį sudaro eksperimentiniai molekulinės genetikos darbai. Taip pat tobulinamos ir in vitro biotechnologijos, skirtos mikrovegetatyviniam dauginimui – alyvų (Syringa L.) ir rododendrų (Rhododendron L. ) klonavimui.

VU Botanikos sodas aktyviai prisideda prie studijų įgyvendinimo visose trejose gamtamokslinių studijų pakopose, pradedant nuo bakalauro studijų iki doktorantūras. Darbų tematika labai įvairi. Pavyzdžiui, pastaraisiais buvo metais apgintos disertacijos iš sausmedžio (Lonicera L.) filogenetinių tyrimų, vertinat DNR sekų žymenis bei iš miežio (Hordeum vulgare L.) žiedyno mutacijų molekulinių tyrimų.

Laboratorija yra atnaujinta ir pilnai aprūpinta įranga, kuri naudojama DNR fragmentų pagausinimui, specifinių genų nustatymui, tai pat ir mikroskopais, skirtais citologinei genomų analizei fluorescencinės in situ hibridizacijos (FISH) ir kitais metodais. Reikšmingą infrastruktūros dalį sudaro šiltnamis su LED apšvietimu ir kitos patalpos augalų auginimui, kuriose galima keisti ir kontroliuoti apšvietimą, temperatūrą ir kitus parametrus.

Įsteigtas 2011 m. kovo 17 d. (Senato komisijos protokolas Nr. SK-2011-5). Padaliniai: Biotechnologijų ir genetikos laboratorija bei Augalų bioįvairovės ir taksonomijos grupė.

Biotechnologijų ir genetikos laboratorija. Laboratorija įkurta 1991 m. Nuo 2011 m. yra Mokslo programų aptarnavimo ir koordinavimo skyriaus dalis.

Mokslinių tyrimų kryptys
Augalų genetinių išteklių biologiniai, molekuliniai tyrimai ir biotechnologijos.

Darbo tikslai:

• Siekti naujų žinių, skirtų augalų bioįvairovės ir ekosistemų ištyrimui bei sistematikos tobulinimui, apimant molekulinius ir bioinformatikos įrankius.
• Kurti augalų kolekcijų vertinimo, išlaikymo ir atnaujinimo mokslinius kriterijus.
• Kurti ir tobulinti kultivavimo ir dauginimo technologijas, skirtas augalų įvairovės kolekcijose išsaugojimui. 

Mokslo programų skyriaus darbuotojai:  

• Prof. habil. dr. Izolda Pašakinskienė – skyriaus vadovė, vyriausioji mokslo darbuotoja;
• Dr. Algis Aučina – mokslo darbuotojas;
• Dr. Donatas Naugžemys – vyresnysis mokslo darbuotojas;
• Dr. Audrius Skridaila – vyresnysis mokslo darbuotojas;
• Dr. Violeta Stakelienė – tyrėja;
• Dr. Jurgita Butkuvienė – tyrėja;
• Marius Rimkevičius – tyrėjas;
• Dr. Silva Žilinskaitė – vyresnioji specialistė;
• Ieva Malinauskaitė – studentė, laborantė.

Tyrimų tematika:

• Sausmedžio mėlynomis uogomis (Lonicera L.) iš natūralių Latvijos, Rusijos, Japonijos ir kitų šalių augaviečių tyrimai, siekiant įvertinti populiacijų genetinę diferenciaciją bei patikslinti VU Botanikos sode esančių pavyzdžių kilmę ir taksonominę padėtį. Dalyviai: Silva Žilinskaitė (vadovė), Donatas Naugžemys.
• Europinio kukmedžio (Taxus baccata L.) gamtinių populiacijų tyrimai siekiant ištirti genetinę įvairovę Rytų Baltijos šalyse ir numatyti rūšies išsaugojimo mokslinius kriterijus. Dalyviai: Izolda Pašakinskienė (vadovė), Donatas Naugžemys, Audrius Skridaila.
• Paprastosios pušies (Pinus sylvestris L.) sodinukų ektomikorizę formuojančių grybų rūšių bendrijų dinamikos tyrimas įvairaus derlingumo ir amžiaus plynose miško kirtavietėse. Dalyviai: Algis Aučina (vadovas), Donatas Naugžemys, Audrius Skridaila.
• Ektomikorizę formuojančių mikorizės grybų rūšių bendrijų struktūra ir įvairovė panašaus amžiaus autochtoninių Lietuvos pušynų tolydžiame (nepertraukiamame) ir fragmentiniame išdėstyme. Dalyviai: Algis Aučina (vadovas), Donatas Naugžemys, Audrius Skridaila.
• Tulpių veislių dekoratyvumo, vegetatyvinio dauginimosi,  atsparumo ligoms ir klimatiniam stresui tyrimai. Dalyviai:  Regina Juodkaitė (vadovė).
• Kardelių, jurginų, vilkdalgių, viendienių ir kitų dekoratyvinių žolinių augalų genetinių išteklių tyrimai. Dalyviai:  Gitana Štukėnienė (vadovė).
• Alyvų, kukmedžių ir kitų žolinių sumedėjusių dekoratyvinių augalų stabilizavimas in vitro  kultūroje, mikrovegetatyvinis dauginimas ir adaptavimas ex vitro sąlygomis. Dalyviai: Stasė Dapkūnienė,  Izolda Pašakinskienė, Irena Žiemytė, Rasa Ryliškienė.