Archeologiniai kasinėjimai, kuriems vadovavo Liudvikas Dzikas, šioje vietoje atlikti 1980 metais. Tyrinėjant buvo atidengti 27 m ilgio ir 19,6 m pločio stačiakampio formos pastato su kvadratiniais 6x6 dydžio priestatais prie galinių sienų pamatai. Šio pastato kontūrai dabar pažymėti akmenimis apjuosta vejos aikštele.
Kairėnai pirmą kartą paminėti 1545 m., kai karalius Žygimantas Senasis padovanojo juos Jarmalai. 1596 m. jie perėjo Jono Isaikovskio, įtakingo Lietuvos Didžiosios Kunigaikštystės didiko, žinion. Kairėnus supo puikus landšaftas, jie buvo netoli sostinės, todėl čia buvo galima įkurti rezidenciją – dvarą su parku.
XVII a., pradžioje Kairėnuose jau stovėjo dvaras su mediniais renesansiniais rūmais, kurių planas panašus į to meto Opalinskių Lenkijoje ir Punios piliakalnio Lietuvoje dvarų rūmų planus. Vienoje patalpų stovėjo polichrominių koklių krosnis, pastato išorę puošė du šoniniai bokšteliai. Remiantis rastais herbiniais kokliais ir kai kuriais istoriniais faktais galima teigti, kad renesansinius rūmus statydinosi vienas iš aštuonių Jono Isaikovskio sūnų – vyskupu tapęs Pranciškus Dolmantas Isaikovskis ir tvarkė juos iki 1649 m., kol išvyko į Smolenską, nes buvo paskirtas Smolensko vyskupu. Ten ir mirė 1654 m. Kairėnų rūmai tikriausiai buvo sunaikinti 1655 metais per Maskvos kariuomenės invaziją.
Po P.D. Isaikovskio mirties Kairėnai neteko užmiesčio rezidencijos reikšmės, liko tik ūkinis vienetas. 1691 m. Isaikovskiai Kairėnus pardavė Šreteriui, o šis 1692 m. – Jonui Kazimierui Sapiegai. Sapiegos turėjo kitus, kur kas geresnius dvarus, todėl Kairėnus dažnai užstatinėdavo arba įkeisdavo. Taip maždaug 1730-1759 m. laikotarpiu Kairėnus valdę vienuoliai trinitoriai renesansinių rūmų pamatus panaudojo medinei trinavei koplyčiai su gyvenamosiomis patalpomis ir rūsiais įrengti. Koplyčia paskutinį kartą minima 1839 m. aprašant naujų savininkų Lopacinskių vedybas. Vėliau ji sudegė. Trinitorių statytai koplyčiai sudegus, XIX a. antroje pusėje ar XX a. pradžioje panaudojant dalį koplyčios pietryčių sienos pastatyta medinė koplytėlė (8,85x7,35 m), kuri sudegė XX a. devintajame dešimtmetyje.
Tik valdant Lopacinskiams (1764-1870 m.), Kairėnai pamažu tapo reikšmingu, gerai tvarkomu dvaru su angliško stiliaus parku. Lopacinskių rūmai stovėjo apie 300 m. nuo buvusių Isaikovskių rūmų. Deja, jie taip pat buvo sudeginti XX a. antrajame dešimtmetyje. Dabar atidengti šių rūmų pamatai.